Οι κύριες αιτίες που μας οδηγούν σε μεταμόσχευση κερατοειδούς είναι ο πολύ προχωρημένος κερατόκωνος, η φυσσαλιδώδη κερατοπάθεια μετά από επέμβαση καταρράκτη, οι σοβαρές μολύνσεις του κερατοειδούς (συνήθως από φακούς επαφής), τα τραύματα που αφήνουν ουλές στον κερατοειδή και διάφορες δυστροφίες του κερατοειδούς που προκαλούν θόλωση του κερατοειδούς (συχνότερη από αυτές είναι η Δυστροφία Fuchs).
